জিনগত পরিবর্তনের (genetic mutation) কারণে যখন স্বাভাবিক এবং স্বাস্থ্যকর কোষগুলি অস্বাভাবিক কোষে পরিণত হয় তখন অ্যানাল ক্যান্সার সাধারণত বিকশিত হয়। স্বাস্থ্যকর কোষগুলি একটি নির্দিষ্ট হারে বৃদ্ধি পায় এবং গুণিত হয়, অবশেষে একটি নির্দিষ্ট সময়ে মারা যায়। তার বিপরীতে অস্বাভাবিক কোষগুলি বৃদ্ধি পায় এবং নিয়ন্ত্রণের বাইরে বহুগুণ হয়ে যায় এবং সেগুলি মারা যায় না। সুতরাং, এই জমে থাকা অস্বাভাবিক কোষগুলি একটি ভর বা টিউমার গঠন করে। ক্যান্সার কোষগুলি কাছের টিস্যুগুলিকে আক্রমণ করে এবং প্রাথমিক টিউমার থেকে পৃথক হয়ে শরীরের অন্য অঙ্গগুলিতে ছড়িয়ে পড়ে।

পায়ুপথ ক্যান্সার হিউম্যান পেপিলোমাভাইরাস (Human papillomavirus) বা এইচপিভি ভাইরাস (HPV virus) হিসাবে পরিচিত যৌনরোগ সংক্রমণের সাথেও সম্পর্কিত।এই এইচপিভি (HPV virus) ভাইরাস বেশিরভাগ মলদ্বারের ক্যান্সারে ধরা পড়ে এবং তাই এটি পায়ূ ক্যান্সারের সর্বাধিক সাধারণ কারণ হিসাবে বিবেচিত হয়।

মলদ্বারের ক্যান্সারের ঝুঁকি বাড়ানোর জন্য বেশ কয়েকটি কারণ জানা যায়। এর মধ্যে কয়েকটি অন্তর্ভুক্ত:

• বয়স্ক বয়স (Older age)- মলদ্বারের ক্যান্সারের বেশিরভাগ ঘটনা সাধারণত 50 বা তার বেশি বয়সীদের মধ্যে দেখা যায়।
• অনেক যৌন অংশীদার থাকা (Having many sexual partners)- যাদের জীবনকাল ধরে অনেক যৌন অংশীদার থাকে তাদের সাধারণত এই অবস্থার ঝুঁকি বেশি থাকে।
• পায়ূ সেক্স(Anal sex)- যে ব্যক্তিরা গ্রহনকারী পায়ূ সেক্সে জড়িত তাদেরও পায়ূ ক্যান্সারের ঝুঁকি বেড়ে যায়।
• হিউম্যান পেপিলোমাভাইরাস (এইচপিভি){Human papillomavirus (HPV)} – এইচপিভি সংক্রমণ আপনার বেশ কয়েকটি ক্যান্সারের ঝুঁকি বাড়িয়ে তুলতে পারে, যার মধ্যে মলদ্বারের ক্যান্সারও রয়েছে। এইচপিভি সংক্রমণ একটি যৌন সংক্রমণ যা জেনিটাল ওয়ার্টগুলিরো কারণ হতে পারে।
• ধূমপান– সিগারেট ধূমপানও পায়ূ ক্যান্সারের ঝুঁকি বাড়ায়।
• যদি কোনো ক্যান্সারের ইতিহাস রয়েছে- যাদের জরায়ু, ভালভর বা যোনি ক্যন্সার হয়েছে তাদের মলদ্বারের ক্যান্সারের ঝুঁকি বেড়ে যায়।
• ইমিউনোসাপ্রেসিভ ড্রাগস (Immunosuppressive drugs)- কিছু লোক তাদের প্রতিরোধ ক্ষমতা নিয়ন্ত্রণে রাখতে ওষুধ গ্রহণ করে। এর মধ্যে অর্গান ট্রান্সপ্ল্যান্ট প্রাপ্ত ব্যক্তিদের অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। তাদের মলদ্বারের ক্যান্সারের ঝুঁকি বাড়তে পারে।এইচআইভি ভাইরাস(HIV virus) প্রতিরোধ ব্যবস্থাও দমন করে এবং পায়ূ ক্যান্সারের ঝুঁকি বাড়িয়ে তোলে।